Những nhà máy điện mặt trời và các đường truyền tải điện có thể trở thành mục tiêu của các cuộc tấn công khủng bố.[4] Một số chuyên gia lo ngại rằng việc tạo ra lượng điện lớn cho châu Âu từ châu Phi sẽ gây nên dự phụ thuộc vào các nước Bắc Phi, nơi còn tham nhũng và thiếu hợp tác biên giới. Desertec cần có sự hợp tác kinh tế và chính trị chặt chẽ giữa Algérie và Maroc. Sự hợp tác này có nhiều rủi ro vì biên giới giữa hai nước này vẫn đóng chặt bởi bất đồng về khu vực Tây Sahara. Một lo ngại nữa là việc nhu cầu nước của nhà máy điện để làm sạch các gương cầu và cho quạt làm mát sẽ ảnh hưởng đến cư dân trong vùng.[8]

Quan ngại khác là dự án vốn cần sự hợp tác ở mực độ rộng rãi giữa châu Âu và các nước Bắc Phi có thể bị chậm trễ vì các vấn đề ngoại giao và quan liêu và các yếu tố khác như bảo vệ tài sản, tôn trọng giấy phép và tham nhũng.[8]